EU의 2003년 '에너지세제지침(Energy Taxation Directive, ETD) 개정안이 화석연료와 일부 바이오연료를 동일하게 과세한데 대한 비판이 확산되고 있다.

EU 집행위는 에너지 컨텐츠 및 환경적 영향이 최소 에너지세율과 상호 연계되지 않은 점, 바이오연료·수소 등 새로운 대체연료 발전 속도를 반영하지 못하는 점 등을 시정하기 위해 작년 7월 에너지세지침 개정안을 제안했다.

지침 개정안의 핵심은 연료를 에너지 컨텐츠 및 환경적 영향에 따라 차등 과세하는 것으로, 환경오염 가능성이 높은 순으로 고율의 최소 에너지세를 부과된다.

전기, 저탄소연료, 비유기물 기반 신재생에너지, 고도(advanced) 지속가능한 유기연료(지속가능 바이오연료, 바이오액체, 바이오가스)에는 기가줄(GJ) 당 €0.15 부과된다.

지속가능한 (비식품·곡물 기반) 유기연료 가운데 고도 지속가능한 유기연료를 제외한 바이오연료 등은 기가줄 당 €5.38 부과되고, 가스, 오일 등 화석연료는 기가줄 당 €10.75를 부과하며, 지속가능한 유기연료 가운데 식품·사료곡물 기반인 경우 화석연료와 동일하게 과세된다.

지침 개정안에 대해 바이어연료 등의 취급이 불명확하며, 지속가능한 식품·사료곡물 기반 바이오연료를 화석연료와 같이 취급, 환경 기여 가능성을 무시했다는 비판했다.

바이오연료 업계는 전기차 생산비용 감소 및 관련 인프라 확충에 시간이 소요되는 점에서 2030년까지 화석연료에 의존할 것으로 전망, 개정안이 식품·곡물기반 바이오연료의 운송분야 탈탄소화 전환기 에너지로서의 환경적 가치를 무시했다며 비판했다.

유럽의회 국민당그룹(EPP)은 지침 개정안이 화석연료에 대한 인센티브를 제거하고, 역내 세율을 조화하는 방향은 긍정적으로 평가한 반면, 신재생에너지지침(Renewable Energy Directive) 개정안이 지속가능한 바이오연료 및 바이오가스 등에 대해 강화된 최소 지속가능성 요건을 부과할 예정임에 따라, 개정안은 신규 세제 및 유럽의 해상운송, 항공운송산업의 국제 경쟁력 간의 균형을 위한 유연성을 회원국에 부여하고, 이미 다른 탄소세로 규제되는 연료에 대한 2중 과세 방지 및 EU 탄소배출권거래제(ETS)와의 일관성 유지의 필요성도 강조했다.